چگونگی قرائت همزه از مسائل تأثیرگذار بر اختلاف قرائات قرآن است که بیشتر در اصول قرائات و گاه در فرش الحروف رخ می نماید. یکی از نمونه هایی که اثر تفاوت واژگانی، و به ویژه ریشه شناختیِ، واژه های مهموز بر اختلاف قرائات را نشان می دهد کلمۀ «بادی» در عبارت «بادی الرای» در هود: 27 است. ابو عمرو بصری «بادِئَ» را با همزه خوانده اما دیگر قاریان بی همزه، «بادِیَ» خوانده اند. شارحان قرائات این اختلاف را به ریشه شناسی واژه بازگردانده ، قرائت «بادِئَ» را بیانگر ریشۀ مهموز (ب ـ د ـ ء) و «بادِیَ» را بیانگر ریشۀ ناقص (ب ـ د ـ و) دانسته اند؛ هرچند این احتمال را هم داده اند که قرائت «بادِیَ» همچنان برگرفته از ریشۀ مهموز باشد که «همزۀ مفتوح ماقبل مکسور» به یاء ابدال شده است. مسألۀ پژوهش این است که آیا توجیه ریشه شناختی که در بیان شارحان قرائات آمده پیشینی است، یعنی قاریان به دلیل اختلاف در ریشه شناسی مهموز یا ناقص کلمه را با همزه یا بی همزه قرائت کرده اند، یا این توجیه پسینی است و عالمان برای توجیه این دو قرائت به توجیه صرفی و ریشه شناختی دست یازیده اند حال آنکه اختلاف قرائت صرفاً آوایی است و یک کلمۀ مهموز با ادای کامل (تحقیق) همزه یا با تخفیف همزه قرائت می شود. بررسی دیدگاه های مفسران متقدم نشان می دهد که برخی اساساً قرائت ابو عمرو را نپذیرفته اند و برخی دیگر تلاش کرده اند آن را به هر شیوۀ ممکن به تفسیری کهن بازگردانند که نزد بیشتر مفسران پذیرفته تر بوده و آن را برگرفته از «بدو»، به معنای آشکار شدن، می دانند. تلاشی معکوس در بیان برخی شارحان قرائات دیده می شود که هر دو قرائت را به یک معنا و برگرفته از «ابتداء»، یعنی آغاز امر، و مسأله را از سنخ اصول قرائات می دانند.